Protein–RNA interactions for Protein: P29400

COL4A5, Collagen alpha-5(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,685 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A5P29400 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SDR39U1-202ENST00000538105 1041 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A5P29400 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms