Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms