Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CCDC39Q9UFE4 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms