Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
RPUSD4Q96CM3 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
RPUSD4Q96CM3 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms