Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
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TCOF1Q13428 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
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TCOF1Q13428 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
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TCOF1Q13428 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
TCOF1Q13428 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
TCOF1Q13428 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC27.57■■■□□ 2
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TCOF1Q13428 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
TCOF1Q13428 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
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