Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms