Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ZNF133-211ENST00000538547 2245 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIG1P18858 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
LIG1P18858 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
LIG1P18858 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIG1P18858 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIG1P18858 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms