Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXD4P09016 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXD4P09016 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXD4P09016 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 129.4 ms