Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
COL4A3Q01955 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
COL4A3Q01955 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.2 ms