Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TRERF1Q96PN7 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TRERF1Q96PN7 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
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