Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
USP39Q53GS9 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms