Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL3A1P02461 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL3A1P02461 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms