Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
NPHP3Q7Z494 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
NPHP3Q7Z494 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms