Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PRSS36-202ENST00000418068 2446 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.89■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
USP53Q70EK8 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms