Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MORC4-201ENST00000255495 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USF3Q68DE3 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.9 ms