Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SCN1BQ07699 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms