Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
BRCA1P38398 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms