Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC9Q9Y3X0 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms