Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms