Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

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Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
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