Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC009133.6-201ENST00000609618 2252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
COL4A3Q01955 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
COL4A3Q01955 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms