Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIG1P18858 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIG1P18858 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms