Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC16.8■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
HOXD4P09016 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms