Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS4AQ9UN37 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms