Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CGRRF1-201ENST00000216420 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
VPS28Q9UK41 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
VPS28Q9UK41 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms