Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SKA3Q8IX90 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms