Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.51
COL3A1P02461 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms