Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC3Q9BQI4 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms