Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USP53Q70EK8 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
USP53Q70EK8 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.5 ms