Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF3Q68DE3 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms