Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM35Q9UPQ4 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM35Q9UPQ4 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms