Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS54Q9P1Q0 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms