Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
KLHL28Q9NXS3 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms