Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC3Q9BQI4 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms