Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VPS53Q5VIR6 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms