Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
TRIM28Q13263 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.2 ms