Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms