Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC9Q9Y3X0 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC9Q9Y3X0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms