Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC87Q9NVE4 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms