Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
CCDC3Q9BQI4 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms