Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP54Q70EL1 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms