Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS53Q5VIR6 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS53Q5VIR6 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms