Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
SMARCB1Q12824 INSL3-202ENST00000379695 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
SMARCB1Q12824 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms