Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC61Q9Y6R9 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC61Q9Y6R9 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms