Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 DSCR9-201ENST00000454482 1644 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LIMA1Q9UHB6 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.7 ms