Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ZNF541Q9H0D2 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.3 ms