Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NPHP3Q7Z494 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
NPHP3Q7Z494 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms