Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP54Q70EL1 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP54Q70EL1 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms