Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.5
USP53Q70EK8 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms