Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USF3Q68DE3 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms